Kanola depolamasında öncelikle deponun hava koşulları bitkinin saklanmasına uygun olmalıdır. Bunun için ilk koşul rutubetin yüksek olmamasıdır. Güvenli kanola depolama yapılabilmesi için tanelerin rutubeti %9’u geçmemelidir. Kanola deposu olarak kuru ambarlar seçilmelidir. Aksi halde kızışması kaçınılmazdır ve küflenme olur. Ürün rutubeti %8-9’lara düşer ise tabana havalandırma borusu ve bacaları konarak 2.5 m’ye kadar yığın yapılabilir. Ürün içerisinde diğer ot tohumlarının olması kızışmalara ve ürün kalitesinin bozulmasına neden olabilir. Bu nedenle yaş ot tohumları ve bitki parçalarından tamamen arındırılmalıdır. Depolanan yığının tavsiye edilen yüksekliği en çok 80-100 cm civarındadır. Tüm bunlara uyulduğu takdirde kolza depolamasının sağlıklı yapılıyor olduğunu söyleyebiliriz. Bu gerekliliklerden herhangi biri eksik karşılandığı takdirde ürünün verimi riske atılmış olur ve ürün kaybına neden olabilir.